在防蝇方面，净化工程应在车间设置纱窗、沙门和防蝇风帘以防苍蝇随货物进入车间，有条件的安装灯光诱蝇装置及电动捕蝇装置，防蝇措施的关键就是消除蝇类的滋生源，由于厨房垃圾、食品工厂中的原料残渣、中间产品残渣和制品的废气物，以及原料和制品产生的食品废气物，都是蝇的滋生源，净化工程要将食品下脚料、垃圾放在密闭的垃圾箱内，且保持垃圾箱外壁清洁，同时净化工程要做到工完场清，保存好各类食品原料与成品，及时清除生活垃圾，并进行无害化处理。